• אודות
  • כנסים ואירועים
  • צור קשר
  • הצטרפות לניוזלטר
  • TapeOut Magazine
  • ChipEx
  • סיליקון קלאב
  • Jobs
מבית
EN
Tech News, Magazine & Review WordPress Theme 2017
  • עיקר החדשות
    זיכויים ממס לתעשיית השבבים. אילוסטרציה: depositphotos.com

    בנק אוף אמריקה מעלה תחזית: שוק השבבים יגיע ל־טריליון דולר כבר ב־2027 — ה־AI וה-HBM דוחפים קדימה

    יואל מארק, סגנית נשיא למחקר ומדע, Alexa Shopping, אמזון

    איחוד האמיריות: ממירים נפט בטכנולוגיה – מכון מחקר בבעלות איחוד האמירויות פועל בחיפה

    אנתרופיק. אילוסטרציה: depositphotos.com

    אנתרופיק חתמה על עסקה של עשרות מיליארדי דולרים עם גוגל לרכישת שבבי בינה מלאכותית

    nextsilicon logo

    NextSilicon משיקה את Maverick-2: מנוע Dataflow ל-HPC ומציגה גם מעבד RISC-V בשם Arbel

    צעדים וצעדי נגד בין ארה"ב לסין בתחום השבבים. אילוסטרציה: depositphotos.com

    סין דורשת נתונים רגישים מחברות שבבים אמריקניות במסגרת חקירת היצף – דגש על שבבים אנלוגיים

    אילון מאסק. href="https://depositphotos.com. ">המחשה: depositphotos.com

    מוסק הציע דו־קרב קוד בין Grok 5 לבין אנדריי קרפתי – וקיבל “לא מנומס”

  • בישראל
    יחסי ישראל-סין. אילוסטרציה: depositphotos.com

    סין–ישראל: סדקים ביחסים – אבל “הפרדה” בין פוליטיקה לכלכלה ממשיכה בינתיים לעבוד

    איריס רועי, סמנכ"ל משאבי אנוש בחברת UCT. צילום יחצ

    חברת  UCT ישראל מגייסת 50 עובדים

    Jon_medved_2_at_ISC_sept_2013

    ג׳ון מדבד אובחן ב-ALS ועובר לתפקיד היו״ר; כלי טשיל מונה למנכ״ל OurCrowd

    מתקן אנבידיה המתוכנן בבאר שבע. צילום יחצ, אנבידיה

    אנבידיה מרחיבה את פעילותה בישראל עם סייט חדש בבאר שבע ותגייס מאות עובדים בדרום

    אוניברסיטת תל אביבאילוסטרציה: depositphotos.com

    אוניברסיטת תל-אביב והטכניון נכנסו לעשירייה העולמית בדירוג היזמות של PitchBook

    אמיר פנוש מנכ'ל סיוה. צילום באדיבות החברה

    סיוה מעמיקה את הובלתה בתחום הקישוריות האלחוטית

  • מדורים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית (AI/ML)
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫שבבים‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • תקשורת מהירה
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
  • מאמרים ומחקרים
  • צ'יפסים
  • Chiportal Index
    • Search By Category
    • Search By ABC
No Result
View All Result
Chiportal
  • עיקר החדשות
    זיכויים ממס לתעשיית השבבים. אילוסטרציה: depositphotos.com

    בנק אוף אמריקה מעלה תחזית: שוק השבבים יגיע ל־טריליון דולר כבר ב־2027 — ה־AI וה-HBM דוחפים קדימה

    יואל מארק, סגנית נשיא למחקר ומדע, Alexa Shopping, אמזון

    איחוד האמיריות: ממירים נפט בטכנולוגיה – מכון מחקר בבעלות איחוד האמירויות פועל בחיפה

    אנתרופיק. אילוסטרציה: depositphotos.com

    אנתרופיק חתמה על עסקה של עשרות מיליארדי דולרים עם גוגל לרכישת שבבי בינה מלאכותית

    nextsilicon logo

    NextSilicon משיקה את Maverick-2: מנוע Dataflow ל-HPC ומציגה גם מעבד RISC-V בשם Arbel

    צעדים וצעדי נגד בין ארה"ב לסין בתחום השבבים. אילוסטרציה: depositphotos.com

    סין דורשת נתונים רגישים מחברות שבבים אמריקניות במסגרת חקירת היצף – דגש על שבבים אנלוגיים

    אילון מאסק. href="https://depositphotos.com. ">המחשה: depositphotos.com

    מוסק הציע דו־קרב קוד בין Grok 5 לבין אנדריי קרפתי – וקיבל “לא מנומס”

  • בישראל
    יחסי ישראל-סין. אילוסטרציה: depositphotos.com

    סין–ישראל: סדקים ביחסים – אבל “הפרדה” בין פוליטיקה לכלכלה ממשיכה בינתיים לעבוד

    איריס רועי, סמנכ"ל משאבי אנוש בחברת UCT. צילום יחצ

    חברת  UCT ישראל מגייסת 50 עובדים

    Jon_medved_2_at_ISC_sept_2013

    ג׳ון מדבד אובחן ב-ALS ועובר לתפקיד היו״ר; כלי טשיל מונה למנכ״ל OurCrowd

    מתקן אנבידיה המתוכנן בבאר שבע. צילום יחצ, אנבידיה

    אנבידיה מרחיבה את פעילותה בישראל עם סייט חדש בבאר שבע ותגייס מאות עובדים בדרום

    אוניברסיטת תל אביבאילוסטרציה: depositphotos.com

    אוניברסיטת תל-אביב והטכניון נכנסו לעשירייה העולמית בדירוג היזמות של PitchBook

    אמיר פנוש מנכ'ל סיוה. צילום באדיבות החברה

    סיוה מעמיקה את הובלתה בתחום הקישוריות האלחוטית

  • מדורים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית (AI/ML)
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫שבבים‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • תקשורת מהירה
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
  • מאמרים ומחקרים
  • צ'יפסים
  • Chiportal Index
    • Search By Category
    • Search By ABC
No Result
View All Result
Chiportal
No Result
View All Result

בית מדורים תקשורת מהירה המרוץ נגד השעון לאיתור המולקולה שתחסל את הקורונה מבין מיליארד מולקולות

המרוץ נגד השעון לאיתור המולקולה שתחסל את הקורונה מבין מיליארד מולקולות

by אבי בליזובסקי
01 יוני 2020
in תקשורת מהירה, עיקר החדשות
מחשב העל Summit. מתוך ויקיפדיה

מחשב העל Summit. מתוך ויקיפדיה

Share on FacebookShare on TwitterLinkedinWhastsapp

החוקרים ממעבדת אוק רידג' משתמשים במחשב העל Summit לקיצור משך החיפוש משנים לשעות בעזרת המעבדים הגרפיים של NVIDIA

אדה סדובה, חוקרת ביו-פיזיקה מהמעבדה הלאומית של ארה"ב באוק רידג', עובדת עם מחשב העל העוצמתי בעולם מהבית, לפעמים בפיג'מה. היא מחפשת מולקולות זעירות שיוכלו לבלום את נגיף COVID-19 המדביק בני אדם. "אני מקדישה את כל זמני לכך, כדי להציל בני אדם," היא תיארה בוועידת Nvidia Summit שהתקיימה לאחרונה בפורמט מקוון.
מחשב העל SUMMIT הוקם על ידי IBM ומורכב מ-9,216 מעבדי פאואר 9 של IBM ו-27,648 מעבדים גרפיים מדגם טסלה של NVIIDA . התקשורת שלו מבוססת על מערכות אינפיניבנד של מלאנוקס, שכידוע נרכשה על ידי אנבידיה, רכישה שהשלמתה בוצעה רק ברבעון האחרון.
מאמציה משתלמים במיוחד: שני מיליארד בדיקות של מולקולות ב-24 שעות בלבד.

סדובה מחפשת ליגנד, שהוא מולקולה אורגנית של פחות מ-6 אטומים. הליגנד הנכון נקשר לחלבון של נגיף הקורונה ומונע ממנו להדביק תאים בריאים.

אך איתור הליגנד הנכון בין כל החלבונים והליגנדים האחרים דומה לחיפוש מחט בערימת שחת. מומחים יכולים לבלות שנים במעבדות בבדיקת כל האפשרויות. אפילו חיפוש בעזרת Summit, מחשב העל של ORNL, יצריך ארבע שנים.
זו הסיבה שסדובה ועמיתיה פנו ל-27,648 המעבדים הגרפיים תוצרת אנבידיה שמאכלסים את Summit כדי להחיש את המאמצים.

בעזרת אנבידיה, העבירו החוקרים את הקוד ל-CUDA, כדי שיוכל לרוץ על Summit ובכך השיגו שיפור של פי 2.8 במהירות. חוקר אחר, ארון שיינברג, האיץ את המהירות פעם נוספת פי שלושה כאשר גילה דרך להשתמש ב-OpenMP להזנת הנתונים למעבדי אנבידיה.
מעבדים גרפיים צמצמו ביותר מסדר גודל את משך הזמן הנדרש לעיבוד בסיס נתונים של 1.4 מיליארד ליגנדים וגם צמצמו את השונות העצומה בתוצאות שהקשתה על תזמון הבדיקות במחשב העל.
הדמיה של 2 מיליארד תרכובות ב-24 שעות

סדובה מאמינה שעם שיפורים נוספים יוכל הצוות לבדוק עד שני מיליארד תרכובות ב-24 שעות. זו תהיה ההדמיה הראשונה בהיקף כזה וברזולוציה גבוהה.
זרם העבודה הסטנדרטי לאיתור קשרי חלבון-ליגנד הוא אטי מאוד ומתאים לכמה מאות תרכובות הנבדקות במחשב נייד. אך כאשר מדובר במאות אלפי קבצים, זרם כזה עלול להשבית גם את מחשב העל הגדול בעולם.
זוהי קריאה לפעולה למפתחי קוד פתוח ששואפים לסייע בהאצת המחקר המדעי.

הצוות של סדובה מוביל את המאמץ ומגבש זרם עבודה חדש אשר אמור להניב מספרים עצומים של משימות עבור Summit. סדובה מתייעצת עם מומחי קלט/פלט על הדרך הטובה ביותר ליצור בסיס נתונים של כל הליגנדים.
השלב הבא יהיה לערוך ניסוי של כמיליון תרכובות על 108 מתוך 4,608 ה-nodes של Summit. "אם זה יעבוד, נוכל לעבור להרצה הגדולה של 1.4 מיליארד תרכובות עם כל ה-nodes," היא אומרת.
צמצום המחקר על מולקולות מבטיחות.

אם חברי הצוות יצליחו במשימה, הם ישלחו לממפיס רשימה של כ-9,000 התרכובות המוצלחות ביותר שייבדקו במעבדה הקונבנציונלית עם נגיפים אמתיים. או אז, יידרשו החוקרים למצוא את המחט לא בערימת שחת אלא בכמות שמניף קלשון אחד.
הצוות של סדובה החל בעבודתו בינואר, כאשר חוקר מוביל של ORNL, ג'רמי סמית', הציג את העבודה הראשונה שעשתה שימוש במחשב –העל Summit למחקר תרופות למאבק בנגיף הקורונה. העבודה ההיא עדיין בתחילתה.
במבט לעתיד, לסדובה יש רעיונות לדרכים נוספות לגישור בין קשרי החלבון והליגנדים לשיטות המקובלות במחשוב עתיר ביצועים.

תגיות מגיפת הקורונהIBMNvidiaמיחשוב על
אבי בליזובסקי

אבי בליזובסקי

נוספים מאמרים

אמיר פנוש מנכ'ל סיוה. צילום באדיבות החברה
תקשורת מהירה

סיוה מעמיקה את הובלתה בתחום הקישוריות האלחוטית

ירון גליצקי. צילום רון קובי
תקשורת מהירה

ירון גליצקי מונה לתפקיד סגן נשיא בכיר ומנהל חטיבת ה-AI בחברת סיוה

גדעון בן צבי, מנכ'ל ולנס סמיקונדקטור - קרדיט צילום - ולנס סמיקונדקטור.
תקשורת מהירה

ולנס מדווחת על תוצאות הרבעון השני: עלייה בהכנסות אך ירידה בתחזית השנתית בעקבות המכסים

תקשורת מהירה

אינטל תפצל את חטיבת NEX לחברה עצמאית – 400 עובדים בישראל יושפעו

הפוסט הבא
תבונה מלאכותית. Image by Gordon Johnson from Pixabay

מהתנגשות טכנולוגית ועד אמון – חברות חייבות להתמקד באנשים

כתיבת תגובה לבטל

האימייל לא יוצג באתר. שדות החובה מסומנים *

  • הידיעות הנקראות ביותר
  • מאמרים פופולאריים

הידיעות הנקראות ביותר

  • NextSilicon משיקה את Maverick-2: מנוע Dataflow ל-HPC…
  • אוניברסיטת תל-אביב והטכניון נכנסו לעשירייה העולמית…
  • איחוד האמיריות: ממירים נפט בטכנולוגיה – מכון…
  • בנק אוף אמריקה מעלה תחזית: שוק השבבים יגיע ל־טריליון…
  • סין–ישראל: סדקים ביחסים – אבל “הפרדה” בין פוליטיקה…

מאמרים פופולאריים

  • אריק שמר:"מאד מעניין אותי לפתור בעיות".…
  • הפנים הפחות מוכרות של דב מורן: מבחינתי המכירה של M…
  • גרפן 2026: האם הגענו לשלב בו יחליף את שבבי הסיליקון?
  • הקאמבק הגדול של השיחה הטלפונית
  • יקב שדות ים – שלושה חברים ויין

השותפים שלנו

לוגו TSMC
לוגו TSMC

לחצו למשרות פנויות בהייטק

כנסים ואירועים

כנסים ואירועים

כנס ChipEx2025 יערך ב-13-14 במאי, 2025. הכנס מיועד לכל העוסקים בתעשיית הסמיקונדקטור  כולל מהנדסים, מומחים מקצועיים ובכירים.

לחץ לפרטים

הרשמה לניוזלטר של ChiPortal

הצטרפו לרשימת הדיוור שלנו


    • פרסם אצלנו
    • עיקר החדשות
    • הצטרפות לניוזלטר
    • בישראל
    • צור קשר
    • צ'יפסים
    • Chiportal Index
    • TapeOut Magazine
    • אודות
    • מאמרים ומחקרים
    • תנאי שימוש
    • כנסים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫שבבים‬
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬

    השותפים שלנו

    כל הזכויות שמורות Chiportal (c) 2010 תנאי שימוש ומדיניות פרטיות

    דרונט דיגיטל - בניית אתרים, בניית אתרי וורדפרס, בניית אתרי סחר, חנות אינטרנטית, פיתוח אתרים

    No Result
    View All Result
    • עיקר החדשות
    • בישראל
    • מדורים
      • אוטומוטיב
      • בינה מלאכותית (AI/ML)
      • בטחון, תעופה וחלל
      • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
      • ‫יצור (‪(FABs‬‬
      • ‫צב"ד‬
      • ‫שבבים‬
      • ‫רכיבים‬ (IoT)
      • ‫תוכנות משובצות‬
      • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
      • ‫‪FPGA‬‬
      • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
      • תקשורת מהירה
    • מאמרים ומחקרים
    • צ'יפסים
    • כנסים
    • Chiportal Index
      • אינדקס חברות – קטגוריות
      • אינדקס חברות A-Z
    • אודות
    • הצטרפות לניוזלטר
    • TapeOut Magazine
    • צור קשר
    • ChipEx
    • סיליקון קלאב

    כל הזכויות שמורות Chiportal (c) 2010 תנאי שימוש ומדיניות פרטיות

    דרונט דיגיטל - בניית אתרים, בניית אתרי וורדפרס, בניית אתרי סחר, חנות אינטרנטית, פיתוח אתרים

    דילוג לתוכן
    פתח סרגל נגישות כלי נגישות

    כלי נגישות

    • הגדל טקסטהגדל טקסט
    • הקטן טקסטהקטן טקסט
    • גווני אפורגווני אפור
    • ניגודיות גבוההניגודיות גבוהה
    • ניגודיות הפוכהניגודיות הפוכה
    • רקע בהיררקע בהיר
    • הדגשת קישוריםהדגשת קישורים
    • פונט קריאפונט קריא
    • איפוס איפוס