• אודות
  • כנסים ואירועים
  • צור קשר
  • הצטרפות לניוזלטר
  • TapeOut Magazine
  • ChipEx
  • סיליקון קלאב
  • Jobs
מבית
EN
Tech News, Magazine & Review WordPress Theme 2017
  • עיקר החדשות
    זכרונות NAND. אילוסטרציה: depositphotos.com

    מנכ"ל Phison: המחסור ב־NAND יימשך עשור ויוביל ל"סופר־סייקל" חדש

    משמאל לוק ואן דן הובה, יו"ר imec ופטריק ונדנאמי, מנכ"ל imec. צילום יחצ

    פטריק ונדנאמי ימונה למנכ"ל imec; לוק ואן דן הובה יכהן כיו"ר

    Raphe mPhibr ההודית מאיצה פיתוח כטב״מים בעזרת פלטפורמת Dassault Systèmes

    Raphe mPhibr ההודית מאיצה פיתוח כטב״מים בעזרת פלטפורמת Dassault Systèmes

    יבגני דיברוב, מנכ"ל ARMIS במפגש הסיליקון קלאב, ספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    יבגני דיברוב: "התוקפים מכוונים לתשתיות הקריטיות – אנחנו כאן כדי לעצור אותם"

    יונדאי. אילוסטרציה: depositphotos.com

    יונדאי מוביס וחברות שבבים קוריאניות מקימות שרשרת ערך מקומית לשבבים לרכב

    המרוויחים והמפסידים מהסכם אנבידיה ואינטל

    המרוויחים והמפסידים מהסכם אנבידיה ואינטל

  • בישראל
    מיקי בודאי, מנכ"ל Transmit Security במפגש הסיליקון קלאב, 30 בספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    מיקי בודאי,  Transmit Security : "אי אפשר לסמוך עוד על קול, וידאו או תעודות – הדיפ-פייק שבר את כללי המשחק

    מערכת הטעינה אלחוטית Genesis של CaPow. צילום: אדווה שלהבת ברזילי

    CaPow קיבלה אישור CE למערכת Genesis להעברת אנרגיה בתנועה

    חנות של וולמארט. אילוסטרציה: depositphotos.com

    וולמארט ו־Wiliot משיקות פריסת ענק של טכנולוגיית IoT פיזית בשרשרת האספקה

    שי און, מייסד שותף ונשיא חברת ההזנק AKEYLESS במפגש הסיליקון קלאב, ספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    נשיא Akeyless בסיליקון קלאב: האתגר האמיתי הוא הגנה על זהויות לא אנושיות

    מטה סולראדג'. צילום יחצ

    סולאראדג' משיקה לראשונה יצוא עולמי של מוצרים סולאריים מתוצרת אמריקה

    אירוע השקת המעבדות של NetZero Ventures והמכון הלאומי לאגירת אנרגיה- קרדיט צלם: ישראל פנחסוב.

    NetZero Ventures והמכון הלאומי לאגירת אנרגיה השיקו בבר-אילן מעבדות להאצת הפיתוח והמסחור של פתרונות אנרגיה ואקלים בהשקעה של עשרות מיליוני שקלים

  • מדורים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית (AI/ML)
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫שבבים‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • תקשורת מהירה
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
  • מאמרים ומחקרים
  • צ'יפסים
  • Chiportal Index
    • Search By Category
    • Search By ABC
No Result
View All Result
Chiportal
  • עיקר החדשות
    זכרונות NAND. אילוסטרציה: depositphotos.com

    מנכ"ל Phison: המחסור ב־NAND יימשך עשור ויוביל ל"סופר־סייקל" חדש

    משמאל לוק ואן דן הובה, יו"ר imec ופטריק ונדנאמי, מנכ"ל imec. צילום יחצ

    פטריק ונדנאמי ימונה למנכ"ל imec; לוק ואן דן הובה יכהן כיו"ר

    Raphe mPhibr ההודית מאיצה פיתוח כטב״מים בעזרת פלטפורמת Dassault Systèmes

    Raphe mPhibr ההודית מאיצה פיתוח כטב״מים בעזרת פלטפורמת Dassault Systèmes

    יבגני דיברוב, מנכ"ל ARMIS במפגש הסיליקון קלאב, ספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    יבגני דיברוב: "התוקפים מכוונים לתשתיות הקריטיות – אנחנו כאן כדי לעצור אותם"

    יונדאי. אילוסטרציה: depositphotos.com

    יונדאי מוביס וחברות שבבים קוריאניות מקימות שרשרת ערך מקומית לשבבים לרכב

    המרוויחים והמפסידים מהסכם אנבידיה ואינטל

    המרוויחים והמפסידים מהסכם אנבידיה ואינטל

  • בישראל
    מיקי בודאי, מנכ"ל Transmit Security במפגש הסיליקון קלאב, 30 בספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    מיקי בודאי,  Transmit Security : "אי אפשר לסמוך עוד על קול, וידאו או תעודות – הדיפ-פייק שבר את כללי המשחק

    מערכת הטעינה אלחוטית Genesis של CaPow. צילום: אדווה שלהבת ברזילי

    CaPow קיבלה אישור CE למערכת Genesis להעברת אנרגיה בתנועה

    חנות של וולמארט. אילוסטרציה: depositphotos.com

    וולמארט ו־Wiliot משיקות פריסת ענק של טכנולוגיית IoT פיזית בשרשרת האספקה

    שי און, מייסד שותף ונשיא חברת ההזנק AKEYLESS במפגש הסיליקון קלאב, ספטמבר 2025. צילום: שמואל אוסטר

    נשיא Akeyless בסיליקון קלאב: האתגר האמיתי הוא הגנה על זהויות לא אנושיות

    מטה סולראדג'. צילום יחצ

    סולאראדג' משיקה לראשונה יצוא עולמי של מוצרים סולאריים מתוצרת אמריקה

    אירוע השקת המעבדות של NetZero Ventures והמכון הלאומי לאגירת אנרגיה- קרדיט צלם: ישראל פנחסוב.

    NetZero Ventures והמכון הלאומי לאגירת אנרגיה השיקו בבר-אילן מעבדות להאצת הפיתוח והמסחור של פתרונות אנרגיה ואקלים בהשקעה של עשרות מיליוני שקלים

  • מדורים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית (AI/ML)
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫שבבים‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • תקשורת מהירה
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
  • מאמרים ומחקרים
  • צ'יפסים
  • Chiportal Index
    • Search By Category
    • Search By ABC
No Result
View All Result
Chiportal
No Result
View All Result

בית מדורים תקשורת מהירה המרוץ נגד השעון לאיתור המולקולה שתחסל את הקורונה מבין מיליארד מולקולות

המרוץ נגד השעון לאיתור המולקולה שתחסל את הקורונה מבין מיליארד מולקולות

by אבי בליזובסקי
01 יוני 2020
in תקשורת מהירה, עיקר החדשות
מחשב העל Summit. מתוך ויקיפדיה

מחשב העל Summit. מתוך ויקיפדיה

Share on FacebookShare on TwitterLinkedinWhastsapp

החוקרים ממעבדת אוק רידג' משתמשים במחשב העל Summit לקיצור משך החיפוש משנים לשעות בעזרת המעבדים הגרפיים של NVIDIA

אדה סדובה, חוקרת ביו-פיזיקה מהמעבדה הלאומית של ארה"ב באוק רידג', עובדת עם מחשב העל העוצמתי בעולם מהבית, לפעמים בפיג'מה. היא מחפשת מולקולות זעירות שיוכלו לבלום את נגיף COVID-19 המדביק בני אדם. "אני מקדישה את כל זמני לכך, כדי להציל בני אדם," היא תיארה בוועידת Nvidia Summit שהתקיימה לאחרונה בפורמט מקוון.
מחשב העל SUMMIT הוקם על ידי IBM ומורכב מ-9,216 מעבדי פאואר 9 של IBM ו-27,648 מעבדים גרפיים מדגם טסלה של NVIIDA . התקשורת שלו מבוססת על מערכות אינפיניבנד של מלאנוקס, שכידוע נרכשה על ידי אנבידיה, רכישה שהשלמתה בוצעה רק ברבעון האחרון.
מאמציה משתלמים במיוחד: שני מיליארד בדיקות של מולקולות ב-24 שעות בלבד.

סדובה מחפשת ליגנד, שהוא מולקולה אורגנית של פחות מ-6 אטומים. הליגנד הנכון נקשר לחלבון של נגיף הקורונה ומונע ממנו להדביק תאים בריאים.

אך איתור הליגנד הנכון בין כל החלבונים והליגנדים האחרים דומה לחיפוש מחט בערימת שחת. מומחים יכולים לבלות שנים במעבדות בבדיקת כל האפשרויות. אפילו חיפוש בעזרת Summit, מחשב העל של ORNL, יצריך ארבע שנים.
זו הסיבה שסדובה ועמיתיה פנו ל-27,648 המעבדים הגרפיים תוצרת אנבידיה שמאכלסים את Summit כדי להחיש את המאמצים.

בעזרת אנבידיה, העבירו החוקרים את הקוד ל-CUDA, כדי שיוכל לרוץ על Summit ובכך השיגו שיפור של פי 2.8 במהירות. חוקר אחר, ארון שיינברג, האיץ את המהירות פעם נוספת פי שלושה כאשר גילה דרך להשתמש ב-OpenMP להזנת הנתונים למעבדי אנבידיה.
מעבדים גרפיים צמצמו ביותר מסדר גודל את משך הזמן הנדרש לעיבוד בסיס נתונים של 1.4 מיליארד ליגנדים וגם צמצמו את השונות העצומה בתוצאות שהקשתה על תזמון הבדיקות במחשב העל.
הדמיה של 2 מיליארד תרכובות ב-24 שעות

סדובה מאמינה שעם שיפורים נוספים יוכל הצוות לבדוק עד שני מיליארד תרכובות ב-24 שעות. זו תהיה ההדמיה הראשונה בהיקף כזה וברזולוציה גבוהה.
זרם העבודה הסטנדרטי לאיתור קשרי חלבון-ליגנד הוא אטי מאוד ומתאים לכמה מאות תרכובות הנבדקות במחשב נייד. אך כאשר מדובר במאות אלפי קבצים, זרם כזה עלול להשבית גם את מחשב העל הגדול בעולם.
זוהי קריאה לפעולה למפתחי קוד פתוח ששואפים לסייע בהאצת המחקר המדעי.

הצוות של סדובה מוביל את המאמץ ומגבש זרם עבודה חדש אשר אמור להניב מספרים עצומים של משימות עבור Summit. סדובה מתייעצת עם מומחי קלט/פלט על הדרך הטובה ביותר ליצור בסיס נתונים של כל הליגנדים.
השלב הבא יהיה לערוך ניסוי של כמיליון תרכובות על 108 מתוך 4,608 ה-nodes של Summit. "אם זה יעבוד, נוכל לעבור להרצה הגדולה של 1.4 מיליארד תרכובות עם כל ה-nodes," היא אומרת.
צמצום המחקר על מולקולות מבטיחות.

אם חברי הצוות יצליחו במשימה, הם ישלחו לממפיס רשימה של כ-9,000 התרכובות המוצלחות ביותר שייבדקו במעבדה הקונבנציונלית עם נגיפים אמתיים. או אז, יידרשו החוקרים למצוא את המחט לא בערימת שחת אלא בכמות שמניף קלשון אחד.
הצוות של סדובה החל בעבודתו בינואר, כאשר חוקר מוביל של ORNL, ג'רמי סמית', הציג את העבודה הראשונה שעשתה שימוש במחשב –העל Summit למחקר תרופות למאבק בנגיף הקורונה. העבודה ההיא עדיין בתחילתה.
במבט לעתיד, לסדובה יש רעיונות לדרכים נוספות לגישור בין קשרי החלבון והליגנדים לשיטות המקובלות במחשוב עתיר ביצועים.

תגיות מגיפת הקורונהIBMNvidiaמיחשוב על
אבי בליזובסקי

אבי בליזובסקי

נוספים מאמרים

ירון גליצקי. צילום רון קובי
תקשורת מהירה

ירון גליצקי מונה לתפקיד סגן נשיא בכיר ומנהל חטיבת ה-AI בחברת סיוה

גדעון בן צבי, מנכ'ל ולנס סמיקונדקטור - קרדיט צילום - ולנס סמיקונדקטור.
תקשורת מהירה

ולנס מדווחת על תוצאות הרבעון השני: עלייה בהכנסות אך ירידה בתחזית השנתית בעקבות המכסים

תקשורת מהירה

אינטל תפצל את חטיבת NEX לחברה עצמאית – 400 עובדים בישראל יושפעו

לוגו - אלוט
תקשורת

אלוט חתמה על הסכם משמעותי עם מפעיל תקשורת גדול באירופה

הפוסט הבא
תבונה מלאכותית. Image by Gordon Johnson from Pixabay

מהתנגשות טכנולוגית ועד אמון – חברות חייבות להתמקד באנשים

כתיבת תגובה לבטל

האימייל לא יוצג באתר. שדות החובה מסומנים *

  • הידיעות הנקראות ביותר
  • מאמרים פופולאריים

הידיעות הנקראות ביותר

  • המרוויחים והמפסידים מהסכם אנבידיה ואינטל
  • אפלייד מטיריאלס ו-GlobalFoundries משתפות פעולה להאצת…
  • סולאראדג' משיקה לראשונה יצוא עולמי של מוצרים…
  • יבגני דיברוב: "התוקפים מכוונים לתשתיות הקריטיות…
  • ארה"ב שוקלת מכסים על מוצרי אלקטרוניקה לפי מספר השבבים

מאמרים פופולאריים

  • הקאמבק הגדול של השיחה הטלפונית
  • עסקת אינטל טראמפ – האם מדובר בהימור אסטרטגי או בצעד נואש
  • מי ששולט בשבבים – שולט בעולם: המלחמה הקרה על הסיליקון
  • הקפאת זמן קוונטית: לייזרים מקבעים מצבים קוונטיים פי…
  • קרן לייזר אחת מגנה על אטומים מפני אובדן מידע

השותפים שלנו

לוגו TSMC
לוגו TSMC

לחצו למשרות פנויות בהייטק

כנסים ואירועים

כנסים ואירועים

כנס ChipEx2025 יערך ב-13-14 במאי, 2025. הכנס מיועד לכל העוסקים בתעשיית הסמיקונדקטור  כולל מהנדסים, מומחים מקצועיים ובכירים.

לחץ לפרטים

הרשמה לניוזלטר של ChiPortal

הצטרפו לרשימת הדיוור שלנו


    • פרסם אצלנו
    • עיקר החדשות
    • הצטרפות לניוזלטר
    • בישראל
    • צור קשר
    • צ'יפסים
    • Chiportal Index
    • TapeOut Magazine
    • אודות
    • מאמרים ומחקרים
    • תנאי שימוש
    • כנסים
    • אוטומוטיב
    • בינה מלאכותית
    • בטחון, תעופה וחלל
    • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
    • ‫יצור (‪(FABs‬‬
    • ‫צב"ד‬
    • ‫רכיבים‬ (IOT)
    • ‫שבבים‬
    • ‫תוכנות משובצות‬
    • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
    • ‫‪FPGA‬‬
    • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬

    השותפים שלנו

    כל הזכויות שמורות Chiportal (c) 2010 תנאי שימוש ומדיניות פרטיות

    דרונט דיגיטל - בניית אתרים, בניית אתרי וורדפרס, בניית אתרי סחר, חנות אינטרנטית, פיתוח אתרים

    No Result
    View All Result
    • עיקר החדשות
    • בישראל
    • מדורים
      • אוטומוטיב
      • בינה מלאכותית (AI/ML)
      • בטחון, תעופה וחלל
      • ‫טכנולוגיות ירוקות‬
      • ‫יצור (‪(FABs‬‬
      • ‫צב"ד‬
      • ‫שבבים‬
      • ‫רכיבים‬ (IoT)
      • ‫תוכנות משובצות‬
      • ‫תכנון אלק' (‪(EDA‬‬
      • ‫‪FPGA‬‬
      • ‫ ‪וזכרונות IPs‬‬
      • תקשורת מהירה
    • מאמרים ומחקרים
    • צ'יפסים
    • כנסים
    • Chiportal Index
      • אינדקס חברות – קטגוריות
      • אינדקס חברות A-Z
    • אודות
    • הצטרפות לניוזלטר
    • TapeOut Magazine
    • צור קשר
    • ChipEx
    • סיליקון קלאב

    כל הזכויות שמורות Chiportal (c) 2010 תנאי שימוש ומדיניות פרטיות

    דרונט דיגיטל - בניית אתרים, בניית אתרי וורדפרס, בניית אתרי סחר, חנות אינטרנטית, פיתוח אתרים

    דילוג לתוכן
    פתח סרגל נגישות כלי נגישות

    כלי נגישות

    • הגדל טקסטהגדל טקסט
    • הקטן טקסטהקטן טקסט
    • גווני אפורגווני אפור
    • ניגודיות גבוההניגודיות גבוהה
    • ניגודיות הפוכהניגודיות הפוכה
    • רקע בהיררקע בהיר
    • הדגשת קישוריםהדגשת קישורים
    • פונט קריאפונט קריא
    • איפוס איפוס